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菌种的培养
在柠檬酸的工业生产中都采用微生物发酵法，而有的只有几种曲霉菌和酵母菌，其中黑曲霉菌是工业中具有竞争力的菌种，酵母中竞争力强的有解脂假丝酵母和季也蒙赤酵母等。
黑曲霉是在琼脂上培养的，在琼脂上成局限菌落，在室温下培养10~14天，成为丰富密集的孢子梗，菌落为黑色，有时也为深褐黑色。考虑到柠檬酸生产菌应具有产酸能力强和耐柠檬酸浓度高的特点，可采用酸性滤纸法、变色圈法和单孢子移植法将黑曲霉分离出来，以避免其他杂菌干扰，使其成为生产柠檬酸用黑曲霉。
酵母的培养可用于柠檬酸生产的酵母有解脂假丝酵母和季也蒙假丝酵母2种。前者有很强的分解脂肪的能力，较好的炭源是正烷烃。后者可由烷烃发酵生成柠檬酸，也可由糖类发酵生成柠檬酸，酵母发酵pH值为3.5~4.0。
杀菌及过程
柠檬酸与80℃温度联合作用具有良好杀灭芽孢的作用，并可有效杀灭血液透析机管路中污染的芽孢。在酶原激活物的形成及以后的过程中，有钙离子参加。枸橼酸根离子与钙离子能形成一种难于解离的可溶性络合物，因而降低了血中钙离子浓度，使血液凝固受阻。
处理柠檬酸生产废水比较常见的处理方法为生物法，生物法又分为厌氧生物法和好氧生物法在国外处理柠檬酸生产废水的主要方法为式厌氧污泥床，其处理废水的步骤如下。使废水在经过反应器底部之后进入到内筒，然后废水不断上升直至达到反应器的水分布器，再利用虹吸管将废水导入驯化好的污泥中，不断进行混合，将废水里的有机物分解成沼气，利用三相分离器将沼气、污泥与水分离并各自排出。
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