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生态厕所（Bio-toilet）是环保厕所中的一类，是指具有不对环境造成污染，并且能充分利用各种资源，强调污染物自净和资源循环利用概念和功能的一类厕所。
目前的生态厕所利用率多的是微生物菌种分解粪便的厕所，它利用其生长繁殖活动对粪便中可利用的大分子有机化合物进行生物降解并转化为菌体生物量。
第二代改进型生态厕所, 在代的基础上，根据国情改进成型的，特征是粪尿分离，大便直入主机，进行生物处理；小便引出主机进入其它系统处理排放。
粪污资源化
粪污中含有大量的有机物和丰富的N、P、K等肥效成份。通过特殊的处理回收手段，在粪尿无害化的同时，回收其中有效成份。
生态厕所在使用功能上与传统厕所相同，增加的净化单元不仅可以与新型厕所组成一个有机整体，而且可以用在现有厕所的改造和更新上，净化处理单元与现有厕所可以很方便地结合起来，实现现有厕所的升级换代。
通过各种技术手段或社会分工协作，对厕所所收集的粪污进行就地处理或异地处理，使粪污无害化后再回归于环境。在进行粪污处理时，往往会带来一些附加的好处，例如回收了粪污中的有用成份用于制药、制肥或回收水资源。
