令人惊讶的是，在全球冷藏集装箱销售量不断提高的近两年内，全球造船厂接到的订造单上竟然没有1艘散装冷藏船。显而易见，在冷藏集装箱与散装化冷藏船的白热化市场竞争中，操作灵活、运输便利、管理到位、坚固、包容性能强，得到港口码头、公路、水路和铁路等多式联运模式密切配合支持的冷藏集装箱已经占到上风。截至2008年年底，全世界船厂基本上停止设计建造化冷藏船，凡是达到船龄极限的化冷藏船大多被送到拆船厂，代之而起的是越来越多的冷藏集装箱运输。2008年年底，全球化冷藏船队运力为3.17亿立方英尺，预计到2013年1月将减少到3.04亿立方英尺。而包括公路、铁路和水运等模式在内的全球冷藏集装箱运力2008年年底达到15亿立方米，预计2013年达到25亿立方英尺，冷藏集装箱运输实力优势已经脱颖而出。
冷藏集装箱的水果的低设定温度通常不低于-1.1℃（30°F）。相反，冷冻货物通常被认为是“惰性(inert)”货物，一般在-18℃（0°F）或更低温度下运载。既然冷藏和冷冻货物都是易腐烂的，就注意确保这类货物以佳状态交付。对于冷藏货物，除了有限的几种例外情况（比如肉，巧克力，胶片，化学物品，奶制品，人工气调储藏运输货物）外，其通风设备通常要保持开启状态。
冷冻集装箱分外置和内置式两种。温度可在-60℃~ +30℃之间调整。内置式集装箱在运输过程中可随意启动冷冻机，使集装箱保持温度；而外置式则依靠集装箱车、船和堆场车站上配备的冷冻机来制冷。这种箱子适合在夏天运输黄油、巧克力、冷冻鱼肉、炼乳、人造奶油等物品。
冷藏集装箱的一些货物可能要求湿度控制或者大量的新鲜空气（比如球茎花卉）。应当注意大多数冷冻装置仅能够减少湿度，并且这取决于所提供的新鲜空气的数量。人工气调储藏运输的货物需要使用能够利用氮和二氧化碳替代氧气水平的用途的集装箱，来延长已采摘的产品的保质期。这种方法适用于许多有核和无核水果，但要求具备的知识来确定适宜的气体浓度水平。
随着现代化集装箱码头在世界各地的新建和集装箱码头基础设施和设备的不断完善，门到门的冷藏集装箱运输为食品冷链运营提供广阔的发展空间。因为满载食品、水果或者果汁的冷藏集装箱可以直接从农场、果园或者加工厂开到超级市场仓库或者配送中心，而拥有自足或者电力供应系统的冷藏集装箱本身也是冷藏食品的临时仓库，在远洋货轮、火车、驳船或者卡车上远途运输，尤其是现代化集装箱船可以把大批水果冷藏箱从拉丁美洲，长途跋涉地运到远东，中东、北美和欧洲等地区。
大多数的货物都可以用集装箱进行海运运输，只有少数不适合。根据国家《关于发展我国集装箱运输若干问题的规定》中规定的适合用集装箱装的货物为12个品类，即交电、仪器、小型机械、玻璃陶瓷、工艺品；印刷品及纸张、、食品、日用品、化工品、针纺织品和小五金等。
