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有害生物防制员要知道控制的有害生物属于哪一类，主要识别的依据是什么。要准确鉴定物种有很好的生物分类学的基础知识，特别是昆虫分类学的基础。对于有害生物防制员来讲，不要求系统地掌握生物分类学的基础理论，主要是根据一些外部形态特征、发生的环境等来判别是属于哪一类有害生物或是哪一种有害生物即可。
一般生物的分类，别叫做“界”，例如动物界。界下边是“门”，再下依次为“纲”“目”“科”“属”和“种”。例如，昆虫属于：动物界，节肢动物门，昆虫纲。昆虫纲的生物主要特征为：身体分为头、胸、腹3段，在胸上有3对足，一般具有2对翅(有些从表面上看退化为1对翅)和1对触角。蜱螨类具有4对足，身体一般分为2节，很容易与昆虫区分开来。鼠类有2对足，不是节肢动物，和昆虫、蜱螨类是完全不同的。

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已知的昆虫、鼠类、蜱螨类物种至少有一百万种以上，其中经济破坏严重的种类占的比例是很少的。有些有害生物对公共卫生影响很大，有些有害生物会损坏木材或建筑物，有些有害生物会影响人们的舒适度(如发出的噪声)。常见的有害生物的危害包括影响人类健康(叮、咬、传播疾病以及骚扰等)，减少或污染人类的食，干扰或破坏人类居住的
环境及其相关的建筑和水、电设施等。

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除鼠类外，常见的有害生物多数属于昆虫纲和蛛形纲。昆虫纲可以分为33个目(不同的分类系统总的目数会有些差异)，其中与有害生物防制员这个行业相关密切的有双翅目(如家)、蜚蠊目(如德国小蠊)、蚤目(如跳蚤)、虱目(如体虱)、半翅目(如臭虫)、膜翅目(如蚂蚁)等。如图22所示为常见的有害生物。对于有害生物的识别，多数是利用体表的形态结构特征，有时利用内外生殖器的特征。一般分目主要是利用翅、足、口器(就是害虫的口)、体节、触角等的形态特征，些重要的昆虫生态学特征参见表22。

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苍蝇类后翅膀化为用于飞行时掌握平衡的平衡棒；有些翅的质地发生了很大变化，例如一些甲虫前翅骨化程度很高，功能上是为了保护后翅；虱类、跳蚤等为了适应生活的环境，翅发生了退化。昆虫的口器为了适应不同的取食环境也进化出几种类型，如蛋的口器是一种典的用于咀嚼食物的称为咀嚼式口器；家蝇的口器主要是为了适应吸食物，称为舐吸式口器；蚊虫、虱类、蚤类的口器主要目的是为了吸血，称为刺吸式口器昆虫的足也发生了不同形式的进化，跳蚤的后足弹跳力很强，称为跳跃足。虱类的足粗短适于攀登，称为攀缘足。

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在分类学上，脊椎动物共分哺乳纲、鸟纲、爬行纲、两栖纲、鱼纲和无腭纲。属于脊椎动物的有害生物，基本上在哺乳纲，尤其是啮齿目和兔形目，少数为食虫目。哺乳纲动物即通常所称的兽类，其分类特征是体型及其大小、身体各部位的比例、毛色、头骨和牙齿的结构以及其他的骨骼形态等。和昆虫纲一样，目以下的分类，也为科、属、种。
1.啮齿目
鼠类是啮齿目动物，其形态特征是：指、趾具爪，前肢不呈翼状，若肢间有飞膜，其指正常，且指间无翼膜；体被毛或刺；门齿强大，凿状，无犬齿：上门齿1对。牙齿形状是区分啮齿与兔形目、食虫日以及食肉目动物的主要特征。
2.兔形日
其形态特征与啮齿日主要区别是：上门齿有2对，且前后重叠排列。
3.食虫目
体型大小与鼠类近似，其主要形态特征是：指、趾具爪前肢不呈翼状：体被毛或刺：门齿不呈潜状，有犬齿：中央门齿大于其余门齿，多数也大于犬齿：体型似鼠，尾毛短而稀，鼻吻部延长，明显超过下唇4.食肉目
在食肉目动物中，有的体型与鼠类近似(如类)，相互区分的主要特征是鼬类有犬齿，发达：中央门齿小于两侧门齿与犬齿。鼠类则均无犬齿

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鼠毛多为灰黑色和灰褐色，也有黄褐、棕褐、红褐、红棕、沙灰以至棕色。有的鼠种腹、背两色；有的背部有纵纹；有的腹面有白斑。
鼠体的测量规定是：体长一从吻端到肛门；尾长一从肛门到尾端，不包括尾毛；耳长—耳壳基部缺口处到耳壳顶部，不包括耳毛；后足长—由跟关节到长趾的末端，不包括爪。以上测量常用于鼠种鉴定。头骨是鼠种鉴定的重要依据，包括颅骨和下颌骨两部分。颅骨应从颅背部、颅后部、颅侧部和颅腹部观察。在一对下颌骨上，长有下门齿和下前白齿、下白齿。下颚凭关节突与颅骨下颚关节突相接，关节突之前有喙突，后下方为角突。
牙齿也是鼠种鉴定的重要依据。啮齿目上、下各有1对门齿，兔形目则有2对前、后排列的上门齿。颊齿包括前白齿和白齿两部分，各鼠种颊齿数目和咀嚼面的形状不同，是鉴别的特征。牙齿数目以特定的齿式记载，以分数形式表示，分子表示上颚的一侧齿数，分母表示下颚的一侧齿数。如草原黄鼠齿式为：1、0、2、3/1、0、1、3=22,表示：上一侧有1枚门齿，没有犬齿，2枚前臼齿和3枚齿，共6枚。加另一侧6枚，上颚共12枚。同理，下颚一侧共5枚，加另一侧5枚，下颚合计10枚。上、下颚总计22枚。