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灭菌是指把物体上所有的微生物（包括细菌芽孢在内）全部杀死的方法，通常是使用物理方法来达到灭菌的目的。
其目的：防止病原体播散到社会中，引起流行发生。防止病者再被其他病原体感染，出现并发症，发生交叉感染。同时也保护医护人员感染。
不同的传播机制引起的传染病，消毒的效果有所不同。肠胃道传染病，病原体随排泄物或呕吐物排出体外，污染范围较为局限。
如能及时正常地进行消毒，切断传播途径，中断传播的效果较好。呼吸道传染病，病原体随呼吸、咳嗽、喷嚏而排出，再通过飞沫和尘埃而播散。
污染范围不确切，进行消毒较为困难。须同时采取空间隔离，才能中断传染。虫媒传染病则采取杀虫灭鼠等方法。
随时消毒是指及时杀灭并消除由污染源排出的病原微生物而进行的随时的消毒工作。终末消毒是指传染源住院隔离。
痊愈或死亡后，对其原居地点进行的消毒，以期将传染病所遗留的病原微生物消灭。在医院中传染源停止隔离出院后，对物品及病房的消毒亦为终末消毒。
预防性消毒是指未发现传染源情况下，对可能被病原体污染的物品、场所和人体进行消毒措施。如公共场所消毒，运输工具消毒，饮水及餐具消毒，饭前便后洗手均属之。
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