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目前的生态厕所利用率多的是微生物菌种分解粪便的厕所，它利用其生长繁殖活动对粪便中可利用的大分子有机化合物进行生物降解并转化为菌体生物量。
竞争性的抑制并杀死粪便中的病原性微生物，吸附、降解、转化粪便中产生的臭味物质，实现了粪便的无害化、资源化处理。能达到零排放的功能，对环境完全不造成任何污染。
是制肥是主要利用手段之一。另一个重要方面是回收粪尿中的水份。粪尿中70%以上是水份，通过处理，可以使这些污水达到很高的水质标准，甚至可以供人饮用。
